Należy odróżnić sytuację, w której faktura nie odzwierciedla rzeczywistej transakcji zarówno pod względem podmiotowym jak i przedmiotowym od sytuacji, w której ta niezgodność ma jedynie walor podmiotowy. W pierwszym z przypadków rzekomy nabywca towaru świadomie uczestniczy w oszustwie podatkowym. W drugim nabywca towarów może nie wiedzieć, że rzekomy wystawca faktury nie jest rzeczywistym dostawcą towaru. Nawet brak faktycznego posiadania towaru przez wystawców faktur nie zawsze daje podstawy do stwierdzenia, że mamy do czynienia z pustymi fakturami. Organy podatkowe, które stwierdziły przestępstwa lub nieprawidłowości, jakich dopuścił się wystawca faktury, są zobowiązane wykazać, w świetle obiektywnych przesłanek i bez wymagania od odbiorcy faktury, aby dokonał ustaleń, do których nie jest on zobowiązany, że ów odbiorca wiedział lub powinien był wiedzieć, iż transakcja mająca stanowić podstawę prawa do odliczenia wiązała się z przestępstwem w zakresie podatku VAT.